一、党政管理机构

1、办公室（党委巡察办）

2、纪检处

3、组织部

4、宣传部

5、统战部

6、学生处（学生工作部、武装部）

7、教务处

8、财务处

9、人事处

10、审计处

11、保卫处

12、招生就业处

13、科技与对外合作交流处

二、基层党组织

中国共产党云南农业职业技术学院农学与园艺技术学院总支部委员会

中国共产党云南农业职业技术学院畜牧兽医学院总支部委员会

中国共产党云南农业职业技术学院食品药品与大健康学院总支部委员会

中国共产党云南农业职业技术学院工程学院总支部委员会

中国共产党云南农业职业技术学院经济管理学院总支部委员会

中国共产党云南农业职业技术学院互联网技术学院总支部委员会

中国共产党云南农业职业技术学院云安产业学院总支部委员会

中国共产党云南农业职业技术学院马克思主义学院总支部委员会

中国共产党云南农业职业技术学院基础部（体育工作部、公共艺术教育部）总支部委员会

中国共产党云南农业职业技术学院职能部门总支部委员会

中国共产党云南省种畜繁育推广中心总支部委员会

中国共产党云南农业职业技术学院离退休总支部委员会

三、群团组织

14、中国工会云南农业职业技术学院委员会

15、中国共产主义青年团云南农业职业技术学院委员会

16、云南农业职业技术学院妇女联合会

四、教学部门

17、农学与园艺技术学院

18、畜牧兽医学院

19、食品药品与大健康学院

20、工程学院

21、经济管理学院

22、互联网技术学院

23、创新创业学院

24、云安产业学院

25、马克思主义学院

26、基础部（体育工作部、公共艺术教育部）

五、服务保障部门

27、后勤管理服务中心

28、离退休人员服务办公室

29、基建办公室

30、资产与物资采购中心

31、教师发展中心

32、教学质量监控办公室（督导室）

33、实践教学中心（产教融合与校企合作办公室、1+X证书认证管理办公室）、职业技能鉴定站

34、就业创业指导中心

35、高等职业教育研究所（评估中心）

36、发展规划办公室

37、现代教育技术与信息中心

38、图书馆

39、继续教育与培训学院

40、云南省农学会秘书处（《云南农业》编辑部）、云南省农业标准化技术委员会秘书处

41、云南农业职业技术学院资产经营有限公司

六、畜禽繁育技术推广部门

42、云南省种畜繁育推广中心综合管理部

43、云南省种畜繁育推广中心种禽场

44、云南省种畜繁育推广中心种猪场

45、云南省种畜繁育推广中心种牛场

46、云南省种畜繁育推广中心冷冻精液站